日大問題が社会から厳しく批判される理由は、企業などの社会的組織の不祥事のレベルを超えているからである。日大は、日本の私立大学の中で２番目に高額の補助金（私学助成金）を受け取っているからである。それは、約90億円に上る国民の血税である。私立大学を所管する文部科学省は、一連の不祥事の象徴ともなっている日本大学を見過ごすことが出来ず、厳しい「指導」文書を、加藤新理事長宛てに発出した。
そして今、私立大学全体に対する組織体制の見直し・ガバナンス改革が重要な社会的課題に上っている。しかし、そのための議論は利害の対立をはらみつつ、迷走状態にある。